Peptider är polymerer (kedjor) av 50 eller färre aminosyror som sitter ihop via peptidbindningar. Skillnaden mellan en peptid och ett protein är deras storlek, där proteiner är byggda av mer än 50 aminosyror. Peptider kan ha många olika funktioner, som exempelvis signalering inuti och mellan celler och organ.
Hur peptider skapas
Peptider bildas oftast via den så kallade proteinsyntesen, där aminosyror kopplas till varandra på ett organiserat sätt via så kallade peptidbindningar. Peptider kan även skapas när man klyver proteiner (proteiner innehåller 51 eller flera aminosyror i en kedja) i cellen, eller framställas på syntetisk väg på labb.
Peptiders struktur
Ovan ser du en så kallad tripeptid (tri = 3). Peptidbindningen (-C(=O)NH-) uppkommer genom en reaktion mellan karboxyldelen i en aminosyra, och aminodelen i en annan. Efter att aminosyrorna har skapat en peptid kallas de före detta aminosyrorna för aminosyrarester. I en peptid så kallas den aminosyrarest som har en aminogrupp som inte sitter fast vid någonting för N-terminal. Den aminosyrarest med en karboxylgrupp som inte sitter fast i någonting kallas för C-terminal. Det finns bara en N-terminal, och en C-terminal per peptidkedja.
Olika typer av peptider
Peptider får lite olika namn beroende på hur långa de är:
- Dipeptid: 2 aminosyrarester
- Tripeptid: 3 aminosyrarester
- Tetrapeptid: 4 aminosyrarester
- Pentapeptid: 5 aminosyrarester
Det finns även lite mer översiktliga begrepp för peptider:
- Oligopeptid: 2 till 20 aminosyrarester
- Polypeptid: Ospecificerad längd (även längre än 50 aminosyrarester).
Namngivning av peptider
Ordningen som aminosyraresterna sitter kopplade i spelar stor roll för de egenskaper som peptiden har. Man börjar räkna ifrån N-terminal när man namnger en peptid med en ordformel. Om vi har en tripeptid (tri = 3) där valin (val, V) sitter först och är N-terminal, Glycin (gly, G) sitter i mitten, och lysin (lys, K) sitter sist och är C-terminal så namnges peptiden såhär med trebokstavskoder:
Val – Gly – Lys
Alternativt såhär med enbokstavskoder:
VGK
Alla trebokstavskoder och enbokstavskoder
Övningsuppgifter
Säg att vi har följande peptid:
Lys – Val – Gly – Val
a) Vilken typ av peptid är detta baserat på längden av kedjan?
b) Vilken aminosyrarest är C-terminal respektive N-terminal i denna peptid?
Eftersom peptiden är fyra aminosyrarester lång är det en tetrapeptid.
Man kan också klassa den som en oligopeptid då den innehåller mellan 2-20 aminosyrarester.
N-terminal är alltid längst till vänster i en peptidkedja. Lys (lysin) är alltså N-terminal.
På samma sätt är C-terminal alltid längst till höger i en peptidkedja. Val (valin) är C-terminal.
Vi har följande peptid:
Arginin – Prolin – Lysin – Asparaginsyra – Histidin
Beskriv denna peptid med:
a) Trebokstavskoder
b) Enbokstavskoder
Använd tabellen tidigare i artikeln (kommer fram genom att klicka på den).
Vi letar i tabellen vi har tidigare i artikeln, och finner att det blir på följande vis:
Arginin – Prolin – Lysin – Asparaginsyra – Histidin
Arg – Pro – Lys – Asp – His
Även här kollar vi på tabellen, och kommer fram till:
Arginin – Prolin – Lysin – Asparaginsyra – Histidin
RPKDH
Vi har följande peptid:
Namnge peptiden med trebokstavskoder. Använd tabellen över aminosyror som hjälp.
Peptider namnges från N-terminal till C-terminal. Det första vi måste lägga märke till här är att N-terminalen på peptiden i detta fall finns längst till höger. Strukturen är alltså spegelvänd mot vad man kanske förväntar sig.
Vi konstaterar att det finns totalt fyra peptidbindningar, alltså finns det fem aminosyrarester i peptiden. Vi kollar på sidokedjorna för att identifiera vilka de är. Använd tabellen över aminosyror.
Längst till höger finner vi glutaminsyra (Glu), när vi rör oss åt vänster finner vi en glycin (Gly), därefter en tyrosin (Tyr), sedan lysin (Lys), och längst till vänster har vi serin (Ser). Vi namnger peptiden från höger till vänster då N-terminalen i detta fall låg till höger:
Glu-Gly-Tyr-Lys-Ser
Rita upp strukturformeln för följande peptid som beskrivs med enbokstavskoder:
TIAH
Ett tips för att rita upp peptidkedjor utan att trassla in sig vad som pekar åt vilket håll så kan man göra en svagt sluttade strukturformel där man efter varje kväve har en bindning som går snett nedåt åt höger:
På detta vis pekar alla sidokedjor nedåt, och alla dubbelbudna syren uppåt. Detta kan underlätta för dig att hålla koll på strukturen.
Vi börjar med att kolla vilka sidokedjor som peptiden ska innehålla.
- T = Tyrosin (N-terminal)
- I = Isoleucin
- A = Alanin
- H = Histidin (C-terminal)
Vi kollar på tabellen över aminosyror för att se hur sidokedjorna för respektive aminosyra ser ut.
Till slut använder vi oss av det förenklade sättet att rita upp strukturformler för peptider enligt ledtråds-fliken, och kommer fram till följande struktur:
